新章、開幕。月の聖杯は誰の手に[]
月に存在するあらゆる願いを叶える力を持った霊子コンピュータ『ムーンセル・オートマトン』。 その所有権を巡る霊子虚構世界『SE.RA.PH』での「聖杯戦争」の覇者となったマスターとネロ。
王の証たる指輪“レガリア”を授けられた2人は、「聖杯戦争」でしのぎを削り合ったサーヴァントたちを臣下として生まれ変わった月の世界（SE.RA.PH）の開闢を始める。
だが、“もう一人のマスター“と共に“もう一つのレガリアを手にした玉藻の前”、そして第三勢力として現れたアルテラがサーヴァントたちを従え2人の前に立ちふさがる。
新世界の支配権を巡りしのぎを削り合う二つの陣営であったが、突如として第三の勢力を率いた「アルテラ」が動き出す。
"文明を破壊するもの"として侵攻を開始する「アルテラ」になすすべもなく追い詰められる「ネロ」と「玉藻の前」。「アルテラ」の目的とは？ 彼女に与するサーヴァントたちの真意とは？
3つの陣営による月の世界の存亡をかけた戦いが今、始まる。
そして、ムーンセルに迫るもう一つの危機[]
二つのレガリアを巡って戦うネロの前にキャスターのサーヴァント「アルキメデス」が現れる。
霊子虚構世界『SE.RA.PH』を作り出した霊子コンピュータ『ムーンセル・オートマトン』がメンテナンス技師として召喚したソロ・サーヴァントである「アルキメデス」。彼は実に一万四千年の周期ごとに訪れるムーンセルのシステム更新タイミングがまさに今、このときであることを語る。
しかし、システム更新には王権の証た「レガリア」が必要だがネロと玉藻の前の手にするレガリアは不慮の事故で分割されたものであり不完全なものであることを告げる。
領域の支配だけではなく不調を兆し始めた月の世界を平定させるためネロとマスターは戦いの決意を新たにするのであった。